MENU

Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone - 01 Rozdz. 1-3 Wstęp; Przedmiot chemii i chemoinformatyki; Komputer jako narzędzie pracy chemika

(eBook)
0.00  [ 0 ocen ]
 Dodaj recenzję
Rozwiń szczegóły »
  • Druk: Katowice, 2018

  • Autor: Andrzej Bąk, Jarosław Polański

  • Wydawca: Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego

  • Formaty:
    PDF
    (Watermark)
    Watermark
    Znak wodny czyli Watermark to zaszyfrowana informacja o użytkowniku, który zakupił produkt. Dzięki temu łatwo jest zidentyfikować użytkownika, który rozpowszechnił produkt w sposób niezgodny z prawem. Ten rodzaj zabezpieczenia jest zdecydowanie najbardziej przyjazny dla użytkownika, ponieważ aby otworzyć książkę zabezpieczoną Watermarkiem nie jest potrzebne konto Adobe ID oraz autoryzacja urządzenia.

Produkt niedostępny
Dodaj do schowka

Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone - 01 Rozdz. 1-3 Wstęp; Przedmiot chemii i chemoinformatyki; Komputer jako narzędzie pracy chemika

Na polskim rynku księgarskim dostępnych jest szereg podręczników poświęconych chemii leków oraz projektowaniu leków, brakuje natomiast podręcznika poświęconego chemoinformatyce. W zamyśle autorów niniejszy skrypt ma za zadanie wypełnić tę lukę. Ponieważ od swych źródeł chemoinformatyka łączy się z projektowaniem molekularnym, wyeksponowaliśmy w szczególności problemy chemoinformatyki leków. Odpowiada to profilowi nowych specjalności, chemii leków oraz chemii informatycznej, uruchomionych w Instytucie Chemii Uniwersytetu Śląskiego. Podręcznik przeznaczony jest dla studentów chemii i farmacji, którzy interesują się wykorzystaniem komputera jako narzędzia wspomagającego badania oraz dydaktykę tych przedmiotów.

  • Sposób dostarczenia produktu elektronicznego
    Produkty elektroniczne takie jak Ebooki czy Audiobooki są udostępniane online po opłaceniu zamówienia kartą lub przelewem na stronie Twoje konto > Biblioteka.
    Pliki można pobrać zazwyczaj w ciągu kilku-kilkunastu minut po uzyskaniu poprawnej autoryzacji płatności, choć w przypadku niektórych publikacji elektronicznych czas oczekiwania może być nieco dłuższy.
    Sprzedaż terytorialna towarów elektronicznych jest regulowana wyłącznie ograniczeniami terytorialnymi licencji konkretnych produktów.
  • Ważne informacje techniczne
    Minimalne wymagania sprzętowe:
    procesor: architektura x86 1GHz lub odpowiedniki w pozostałych architekturach
    Pamięć operacyjna: 512MB
    Monitor i karta graficzna: zgodny ze standardem XGA, minimalna rozdzielczość 1024x768 16bit
    Dysk twardy: dowolny obsługujący system operacyjny z minimalnie 100MB wolnego miejsca
    Mysz lub inny manipulator + klawiatura
    Karta sieciowa/modem: umożliwiająca dostęp do sieci Internet z prędkością 512kb/s
    Minimalne wymagania oprogramowania:
    System Operacyjny: System MS Windows 95 i wyżej, Linux z X.ORG, MacOS 9 lub wyżej, najnowsze systemy mobilne: Android, iPhone, SymbianOS, Windows Mobile
    Przeglądarka internetowa: Internet Explorer 7 lub wyżej, Opera 9 i wyżej, FireFox 2 i wyżej, Chrome 1.0 i wyżej, Safari 5
    Przeglądarka z obsługą ciasteczek i włączoną obsługą JavaScript
    Zalecany plugin Flash Player w wersji 10.0 lub wyżej.
    Informacja o formatach plików:
    • PDF - format polecany do czytania na laptopach oraz komputerach stacjonarnych.
    • EPUB - format pliku, który umożliwia czytanie książek elektronicznych na urządzeniach z mniejszymi ekranami (np. e-czytnik lub smartfon), dając możliwość dopasowania tekstu do wielkości urządzenia i preferencji użytkownika.
    • MOBI - format zapisu firmy Mobipocket, który można pobrać na dowolne urządzenie elektroniczne (np.e-czytnik Kindle) z zainstalowanym programem (np. MobiPocket Reader) pozwalającym czytać pliki MOBI.
    • Audiobooki w formacie MP3 - format pliku, przeznaczony do odsłuchu nagrań audio.
    Rodzaje zabezpieczeń plików:
    • Watermark - (znak wodny) to zaszyfrowana informacja o użytkowniku, który zakupił produkt. Dzięki temu łatwo jest zidentyfikować użytkownika, który rozpowszechnił produkt w sposób niezgodny z prawem. Ten rodzaj zabezpieczenia jest zdecydowanie bardziej przyjazny dla użytkownika, ponieważ aby otworzyć książkę zabezpieczoną Watermarkiem nie jest potrzebne konto Adobe ID oraz autoryzacja urządzenia.
    • Brak zabezpieczenia - część oferowanych w naszym sklepie plików nie posiada zabezpieczeń. Zazwyczaj tego typu pliki można pobierać ograniczoną ilość razy, określaną przez dostawcę publikacji elektronicznych. W przypadku zbyt dużej ilości pobrań plików na stronie WWW pojawia się stosowny komunikat.
Spis treści

Przedmowa do wydania drugiego / 9

1. Wstęp / 11
2. Przedmiot chemii i chemoinformatyki / 13
3. Komputer jako narzędzie pracy chemika – problemy wprowadzania danych / 21
3.1. Kodowanie cząsteczek w chemoinformatyce / 26
3.2. Grafy cząsteczek chemicznych / 26
3.3. Notacja liniowa / 28
3.3.1. Kody SMILES / 30
3.3.1.1. SMILES – język kodowania grafów molekularnych / 30
3.3.1.2. Gramatyka języka SMILES / 31
3.3.2. Inne systemy notacji liniowej / 41
3.4. Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki / 42
3.5. Edytory molekularne / 50
3.6. Standardy wymiany informacji strukturalnej / 60
3.7. Nomenklatura chemiczna / 68
3.8. Związek chemiczny – in vitro oraz in silico / 72
3.9. Ontologia chemiczna – formalna definicja związku chemicznego / 73
3.10. Właściwości związków chemicznych i ich pomiary / 76
3.11. Chemiczne bazy danych / 78
3.11.1. Organizacja bazy danych / 78
3.11.2. Typy baz danych / 80
3.11.3. Strukturalne bazy danych ligandów / 83
3.11.4. Strukturalne bazy danych makromolekuł / 86
3.11.5. Bazy literaturowe / 90

4. Chemia in silico – problemy przetwarzania danych / 93
4.1. Deskryptory molekularne / 93
4.1.1. Kodujące deskryptory konstytucyjne / 95
4.1.2. Deskryptory daktyloskopowe cząsteczki / 95
4.1.3. Deskryptory obliczane na podstawie atomowej reprezentacji cząsteczki / 95
4.1.4. Deskryptory obliczane na podstawie fragmentów molekularnych / 96
4.1.5. Deskryptory topologiczne / 96
4.1.6. Proste deskryptory geometryczne / 97
4.1.7. Złożone deskryptory geometryczne / 97
4.1.7.1. Deskryptory pola oddziaływań cząsteczkowych / 97
4.1.7.2. Deskryptory profilu konformacyjnego / 98
4.1.7.3. Deskryptory wirtualnego miejsca receptorowego / 98
4.1.7.4. Deskryptory receptorowe / 100
4.1.8. Deskryptory złożonych systemów cząsteczkowych ligand – receptor / 100
4.1.9. Deskryptory skorelowane z właściwościami / 100
4.1.9.1. Korelaty właściwości globalnych / 100
4.1.9.2. Korelaty fragmentów molekularnych – stałe Hammetta / 101
4.1.9.3. Prognozowanie właściwości związków chemicznych / 104
4.2. Modelowanie struktur 3D / 107
4.2.1. Generatory struktur 2D / 110
4.2.2. Generatory struktur 3D / 110
4.2.2.1. Semiempiryczne metody chemii kwantowej / 116
4.2.2.2. Mechanika molekularna / 117
4.2.2.3. Dynamika molekularna / 125
4.2.2.4. Techniki generowania konformerów / 133
4.2.3. Pakiety do modelowania molekularnego / 134
4.3. Podobieństwo strukturalne cząsteczek / 139
4.4. Synteza i retrosynteza / 152
4.4.1. Synteza organiczna – odwzorowanie reagentów w produkty / 154
4.4.2. Projektowanie syntezy organicznej – odwzorowanie produktów w reagenty / 155
4.4.3. Retroreakcje – nomenklatura syntonów / 160
4.4.4. Operacje na syntonach / 160
4.4.4.1. Przekształcenie syntonu w reagent / 160
4.4.4.2. Modyfikacje syntonów / 162
4.4.4.3. Odwrócenie reaktywności / 163
4.4.5. Komputerowo wspomagane projektowanie syntezy (CASD) / 164
4.5. Eksploracja baz danych / 166
4.6. Chemometria – analizy złożonych danych chemicznych / 169
4.6.1. Wybrane metody analizy struktury danych / 170
4.6.2. Podstawowe pojęcia chemometrii / 171
4.6.3. Zmienne i ich korelacje / 171
4.6.4. Wstępna transformacja danych / 173
4.6.5. Eksploracja danych / 175
4.6.6. Jednoczynnikowa analiza wariancji / 175
4.6.7. Wieloczynnikowa analiza wariancji / 178
4.6.8. Algorytmy genetyczne / 180
4.6.9. Wybrane techniki projekcji i wizualizacji wielu zmiennych / 183
4.6.10. Analiza czynników głównych / 183
4.6.11. Sieci neuronowe / 185
4.6.12. Analiza regresji / 198
4.6.13. Metoda najmniejszych kwadratów / 201
4.6.14. Analiza regresji czynników głównych / 205
4.6.15. Metoda częściowych najmniejszych kwadratów / 205
4.6.16. Walidacja krzyżowa / 207
4.7. Komputerowe wspomaganie projektowania molekularnego / 212
4.8. Synteza ukierunkowana na właściwości / 214
4.8.1. Intuicja i szczęśliwy traf w poszukiwaniach i odkryciach nowych leków / 215
4.8.2. Schematy racjonalne w poszukiwaniu nowych leków – badanie zależności między budową a działaniem związków / 215
4.8.3. Badania przesiewowe metodami chemii kombinatorycznej / 223
4.8.4. Projektowanie molekularne in silico / 224
4.8.5. Projektowanie leków, kiedy dostępne są dane strukturalne receptora / 224
4.8.6. Dokowanie molekularne / 227
4.8.7. Projektowanie oparte na szeregu aktywnych ligandów / 233
4.8.8. Ilościowe modele zależności struktura – aktywność QSAR / 235
4.8.8.1. Modele 0D QSAR / 236
4.8.8.2. Modele 1D QSAR / 237
4.8.8.3. Modele 2D QSAR / 237
4.8.8.4. Modele 3D QSAR / 239
4.8.8.5. Modele 4D QSAR / 243
4.8.8.6. Modele 5D QSAR / 244
4.8.8.7. Modele 6D QSAR / 245
4.8.8.8. Modele RI-QSAR z wirtualnym receptorem modelowanym danymi innymi niż szereg jego aktywnych ligandów / 245
4.8.8.9. Modele RD QSAR z rzeczywistymi danymi receptorowymi / 246
4.8.9. Lekotypy / 247

5. Internetowe zasoby i nowe technologie chemoinformatyczne on-line / 249

Literatura dodatkowa / 255
Dodatek / 257
NAZWA I FORMAT
OPIS
ROZMIAR

Przeczytaj fragment

Inni Klienci oglądali również

11,32 zł
14,90 zł

Klauzura. Wstęp wzbroniony

Kiedy wielka gwiazda Hollywood zamyka się za drzwiami ciężkiego klauzurowego klasztoru, wywołuje to poruszenie w całej Ameryce. Wszyscy zastanawiają się nad motywami decyzji aktorki. Reporterka jednego z najpoczytniejszych dzienników z Chicago d...
35,10 zł
45,00 zł

Prasa jako medium edukacyjne

Książka Edyty Zierkiewicz to dojrzałe i wielostronne studium dotyczące ważnego społecznie i bardzo interesującego naukowo fenomenu edukacyjnej funkcji prasy (i szerzej kultury) popularnej, w recenzowanej pracy badane na przykładzie konstruowania dyskur...
29,94 zł
49,90 zł

Jak ćwiczyć prawidłowo i osiągać najlepsze efekty. 73 największe mity i błędy popełniane w sporcie i podczas aktywności fizycznej

Książka dla tych, którzy ćwiczą lub chcą zacząć uprawianie sportu, tak aby nie popełniac błędów powtarzanych w wielu publikcjach i instruktażach ćwiczeń.
30,44 zł
34,99 zł

Jak Sowieci przetrwali dzięki oszustwu

Jak zapewnić nowopowstałemu bolszewickiemu państwu okres oddechu dla ustabilizowania sytuacji wewnętrznej? Można rozpocząć globalną akcję dezinformacyjną, by wprowadzić w błąd rządy i koncerny mediowe świata. Można też umiejętnie po...
24,03 zł
26,70 zł

Sukces a praca

Gdyby ciężka praca prowadziła do bogactwa, to najbogatsi byliby niewolnicy. Czy masz czasem wrażenie, że praca, którą wykonujesz, nie jest tą, o której marzyłeś za czasów liceum lub studiów? Zarabiasz pewnie przyzwoit...
42,30 zł
47,00 zł

Dobry zysk. Jak tworzenie wartości dla innych zbudowało firmę, która odniosła jeden z największych sukcesów na świecie

Charles Koch przypisuje ogromny sukces wypracowanej przez siebie filozofii zarządzania opartego na zasadach rynkowych, Market-Based Management (MBM), którą opisuje w swojej książce. To sprawia, że publikacja ta powinna zainteresować zaró...
25,11 zł
27,90 zł

Równowaga duchowa. Jak odnaleźć wewnętrzny pokój

Droga do wewnętrznej harmonii jest w zasięgu każdego Życie duchowe można porównać do układanki tworzącej spójny obraz. Gdybyśmy próbowali uzupełnić ją elementem pochodzącym z innego zestawu – obraz utraciłby sens i róż...
16,80 zł
24,00 zł

Matura: poziom rozszerzony. Powtórki przed egzaminem. Część 2

WYDANIE DRUGIE POPRAWIONE Egzamin maturalny to: zestaw powtórkowy z języka angielskiego: gramatyka, słownictwo oraz wybrane wyrażenia, które pojawiły się w arkuszach egzaminacyjnych CKE 310 zdań Rodzaje ćwiczeń: transformacje ...
52,20 zł
69,60 zł

Człowiek jako projekt. Od ewolucji z przypadku do transformacji z wyboru

Najwyższa pora przekroczyć granice znanej dotychczas nauki i duchowości. Tylko w ten sposób można znaleźć odpowiedź na ponadczasowe pytanie w centrum naszego istnienia: kim jesteśmy? Publikacja ujawnia techniki oparte na nauce, które obud...

Recenzje

Nikt nie dodał jeszcze recenzji. Bądź pierwszy!