Eduard Mühle jest profesorem historii Europy Środkowo-Wschodniej i Wschodniej na Westfalskim Uniwersytecie Wilhelma w Münsterze. Sprawował funkcję dyrektora Instytutu Herdera w Marburgu oraz Niemieckiego Instytutu Historycznego w Warszawie, był także Senior Visiting Fellow w Oksfordzie, Cambridge i Princeton. Jest członkiem zagranicznym PAU w Krakowie. Przedmiotem jego badań, nagrodzonych m.in. Polskim Honorowym Stypendium Naukowym im. Aleksandra von Humboldta FNP, jest przede wszystkim Średniowieczna historia Polski i Europy Wschodniej.