Mikrobiologia lekarska Tom 1
Dwutomowa publikacja Mikrobiologia lekarska została przygotowana przez zespół specjalistów pod kierunkiem prof. dr hab. Małgorzaty Bulandy, dr Agaty Pietrzyk oraz prof. dr hab. Marty Wróblewskiej. Monografia w sposób szczegółowy uwzględnia najnowszą wiedzę z zakresu mikrobiologii medycznej. Tom pierwszy obejmuje historię mikrobiologii, epidemiologię, dezynfekcję, sterylizację i antyseptykę, immunoprofilaktykę zakażeń, bakteriologię oraz wirusologię ogólną i szczegółową. W tomie drugim poruszono kwestię mykologii oraz parazytologii ogólnej i szczegółowej, leki przeciwdrobnoustrojowe i antybiotykoterapię chorób zakaźnych, zakażenia związane z opieką zdrowotną, bioterroryzm, diagnostykę mikrobiologiczną, a także zakażenia układowe i narządowe. Publikacja jest skierowana do studentów kierunków medycznych. Będzie także przydatna dla diagnostów laboratoryjnych, lekarzy odbywających specjalizację zarówno z mikrobiologii medycznej, jak i lekarskiej.
1. Historia mikrobiologii – Marian BINEK 1
1.1. Mikrobiologia XIX i początku XX wieku zdominowana przez mikrobiologię medyczną 2
1.2. Dyscypliny towarzyszące mikrobiologii medycznej 7
1.2.1. Wakcynologia 8
1.2.2. Higiena i antyseptyka 10
1.2.3. Chemioterapia 11
1.3. Era genomiki i proteomiki 12
2. Wprowadzenie do epidemiologii chorób zakaźnych – Małgorzata BAŁA, Magdalena ROSIŃSKA 17
2.1. Podstawowe pojęcia i definicje 17
2.1.1. Proces epidemiczny 19
2.1.2. Główne drogi szerzenia się chorób zakaźnych 21
2.2. Szczepienia w zapobieganiu chorobom zakaźnym 22
2.3. Podstawowe miary i wskaźniki 23
2.3.1. Podstawowe wskaźniki epidemiologiczne 23
2.3.2. Miary związku 24
2.3.3. Wskaźniki obciążenia chorobą 24
2.4. Badania epidemiologiczne 25
2.4.1. Kryteria przyczynowości 25
2.4.2. Rodzaje badań 26
2.5. Nadzór epidemiologiczny 30
2.5.1. Typy nadzoru epidemiologicznego 31
2.5.2. Atrybuty i ewaluacja systemu nadzoru 32
2.6. Dochodzenie w ognisku epidemicznym 33
3. Dezynfekcja, sterylizacja i antyseptyka – Małgorzata FLEISCHER 37
3.1. Dezynfekcja 39
3.1.1. Zasady dezynfekcji 40
3.1.2. Mechanizm działania środków dezynfekcyjnych 41
3.1.3. Metody dezynfekcji 42
3.2. Sterylizacja 48
3.2.1. Zasady prawidłowej sterylizacji 49
3.2.2. Metody sterylizacji 50
3.2.3. Kontrola procesu sterylizacji 54
3.3. Dekontaminacja przy podejrzeniu skażenia prionami 56
3.4. Antyseptyka 57
3.4.1. Charakterystyka wybranych antyseptyków 58
4. Immunoprofilaktyka zakażeń czynna i bierna – Marta CISZEK-LENDA 61
4.1. Mechanizmy odporności człowieka 61
4.2. Rola odporności nieswoistej (wrodzonej) 63
4.3. Rola odporności swoistej (nabytej) 64
4.4. Immunoprofilaktyka czynna – szczepienia ochronne 66
4.4.1. Definicje szczepionki 66
4.4.2. Rola szczepień ochronnych 67
4.4.3. Wpływ szczepionek na układ immunologiczny 68
4.4.4. Rodzaje szczepionek 69
4.4.5. Skuteczność i bezpieczeństwo szczepień ochronnych 73
4.5. Szczepionki przeciwbakteryjne 76
4.6. Szczepionki przeciwwirusowe 76
4.7. Szczepionki przeciw pasożytom 78
4.8. Nowe kierunki badań nad szczepieniami 78
4.9. Szczepienia profilaktyczne zalecane podróżnym 79
4.10. Immunoprofilaktyka bierna 81
4.10.1. Immunoglobuliny ludzkie 81
4.10.2. Zastosowanie przeciwciał monoklonalnych 82
4.10.3. Surowice odpornościowe 83
5. Bakteriologia ogólna z patogenezą zakażeń bakteryjnych 85
5.1. Klasyfikacja bakterii – Artur DRZEWIECKI 85
5.2. Budowa i fizjologia bakterii – Artur DRZEWIECKI 87
5.2.1. Budowa komórki bakterii 88
5.2.2. Metabolizm bakterii 92
5.2.3. Wzrost bakterii 95
5.2.4. Biofilm 96
5.3. Genetyka bakterii – mechanizmy warunkujące zmienność genomów i proteomów bakteryjnych – Elżbieta Katarzyna JAGUSZTYN-KRYNICKA, Paweł ŁANIEWSKI 97
5.3.1. Genomy bakteryjne 97
5.3.2. Plastyczność genomów bakteryjnych 103
5.3.3. Zmienność proteomów bakteryjnych w odpowiedzi na czynniki środowiska 104
5.3.4. Fenotypowa różnorodność populacji bakteryjnych 110
5.4. Patogeneza zakażeń bakteryjnych – Barbara RÓŻALSKA, Beata SADOWSKA 115
5.4.1. Podstawowe mechanizmy patogenności bakterii 115
5.4.2. Unikanie działania mechanizmów obronnych gospodarza 124
5.5. Mikrobiom człowieka – Tomasz GOSIEWSKI 129
5.5.1. Nabywanie mikrobiomu 129
5.5.2. Skład mikrobiomu człowieka 130
5.5.3. Rola mikrobiomu w utrzymaniu homeostazy organizmu 132
5.5.4. Badanie mikrobiomu 134
6. Bakteriologia szczegółowa 137
6.1. Ziarenkowce Gram-dodatnie – Monika BRZYCHCZY-WŁOCH 137
6.1.1. Rodzaj Staphylococcus 137
6.1.2. Rodzaj Streptococcus 149
6.1.3. Rodzaj Enterococcus 160
6.2. Ziarenkowce Gram-ujemne – Artur DRZEWIECKI 162
6.2.1. Rodzaj Neisseria 162
6.2.2. Rodzaj Moraxella 168
6.2.3. Bakterie z grupy HACEK 168
6.3. Laseczki Gram-dodatnie niewytwarzające spor – Gajane MARTIROSIAN 169
6.3.1. Rodzaj Corynebacterium 169
6.3.2. Rodzaj Listeria 173
6.3.3. Rodzaj Erysipelothrix 177
6.4. Laseczki Gram-dodatnie wytwarzające spory – Gajane MARTIROSIAN 178
6.4.1. Rodzaj Bacillus 179
6.4.2. Rodzaj Clostridium 183
6.5. Pałeczki Gram-ujemne z rodziny Enterobacteriaceae, Yersiniaceae, Morganellaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae – Hanna STYPUŁKOWSKA-MISIUREWICZ 193
6.5.1. Rodzaj Escherichia 198
6.5.2. Rodzaj Salmonella 201
6.5.3. Rodzaj Shigella 206
6.5.4. Inne rodzaje należące do rzędu Enterobacterales 208
6.5.5. Rodzaj Yersinia 209
6.5.6. Rodzaj Plesiomonas 211
6.5.7. Rodzaj Vibrio 212
6.5.8. Rodzaj Aeromonas 218
6.6. Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące glukozy – Pseudomonas, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Burkholderia – Eugenia GOSPODAREK-KOMKOWSKA 220
6.6.1. Rodzaj Pseudomonas 221
6.6.2. Rodzaj Acinetobacter 225
6.6.3. Rodzaj Stenotrophomonas 232
6.6.4. Rodzaj Burkholderia 236
6.7. Pałeczki Gram-ujemne mające szczególne wymagania wzrostowe: Bordetella, Haemophilus, Pasteurella, Francisella, Bartonella, Brucella, Campylobacter, Helicobacter, Legionella – Hanna STYPUŁKOWSKA-MISIUREWICZ 240
6.7.1. Rodzaj Bordetella 241
6.7.2. Rodzaj Haemophilus 243
6.7.3. Rodzaj Pasteurella 245
6.7.4. Rodzaj Francisella 246
6.7.5. Rodzaj Bartonella 247
6.7.6. Rodzaj Brucella 248
6.7.7. Rodzaj Campylobacter 250
6.7.8. Rodzaj Helicobacter 251
6.7.9. Rodzaj Legionella 253
6.8. Bakterie beztlenowe niewytwarzające spor – Gajane MARTIROSIAN 256
6.8.1. Rodzaj Bacteroides 256
6.8.2. Rodzaj Prevotella 258
6.8.3. Rodzaj Porphyromonas 259
6.8.4. Rodzaj Fusobacterium 259
6.8.5. Rodzaj Veillonella 261
6.8.6. Rodzaje Peptococcus i Peptostreptococcus 262
6.8.7. Rodzaj Cutibacterium (Propionibacterium) 263
6.8.8. Rodzaj Lactobacillus 265
6.8.9. Rodzaj Eubacterium 267
6.8.10. Rodzaj Bifidobacterium 267
6.8.11. Rodzaj Gardnerella 268
6.8.12. Rodzaj Mobiluncus 270
6.9. Prątki z rodzaju Mycobacterium – Ewa AUGUSTYNOWICZ-KOPEĆ, Anna ZABOST 271
6.9.1. Prątki gruźlicze i gruźlica 273
6.9.2. Prątki MOTT i mykobakteriozy 279
6.9.3. Diagnostyka mikrobiologiczna w zakażeniach prątkami gruźliczymi i niegruźliczymi 280
6.9.4. Prątek trądu (Mycobacterium leprae) 288
6.10. Krętki – Marian BINEK 290
6.10.1. Rodzaj Borrelia 291
6.10.2. Rodzaj Treponema 298
6.10.3. Rodzaj Leptospira 307
6.10.4. Rodzaj Brachyspira 313
6.11. Promieniowce i pokrewne bakterie – Marian BINEK 315
6.11.1. Rodzaj Actinomyces 317
6.11.2. Rodzaj Nocardia 320
6.11.3. Rodzaj Rhodococcus 325
6.11.4. Inne pokrewne bakterie 327
6.12. Chlamydie – Barbara ZAWILIŃSKA 329
6.12.1. Chlamydia trachomatis 331
6.12.2. Chlamydia pneumoniae 334
6.12.3. Zoonozy wywołane przez inne gatunki chlamydii 336
6.12.4. Wykrywanie i leczenie zakażeń chlamydiowych – możliwości profilaktyki 336
6.13. Mykoplazmy – Barbara ZAWILIŃSKA 337
6.13.1. Mycoplasma pneumoniae 339
6.13.2. Mykoplazmowe zakażenia układu moczowo-płciowego 340
6.14. Inne bakterie – Rickettsiaceae, Anaplasmataceae i Coxiellaceae – Barbara ZAWILIŃSKA 343
7. Wirusologia ogólna – Marta WRÓBLEWSKA 353
7.1. Struktura i klasyfikacja wirusów 353
7.1.1. Struktura wirusów 353
7.1.2. Klasyfikacja wirusów 357
7.2. Cykl replikacyjny wirusów 360
7.2.1. Przyleganie wirusa do komórki (adsorpcja) 361
7.2.2. Wnikanie wirusa do komórki (penetracja) 362
7.2.3. Odpłaszczenie kwasu nukleinowego wirusa 364
7.2.4. Synteza białek wczesnych 364
7.2.5. Replikacja genomu i synteza białek strukturalnych wirusa (eklipsa) 364
7.2.6. Składanie i dojrzewanie potomnych wirionów (morfogeneza) 365
7.2.7. Uwolnienie potomnych wirionów z komórki 365
7.2.8. Cykl replikacyjny poszczególnych grup wirusów 367
7.3. Genetyka wirusów 373
7.3.1. Zmienność genetyczna wirusów 373
7.3.2. Oddziaływanie wirusów w zakażeniach mieszanych 375
7.3.3. Wirusy jako wektory 376
7.4. Patogeneza zakażeń wirusowych 376
7.4.1. Zakażenia miejscowe i uogólnione 377
7.4.2. Relacje wirus – komórka gospodarza 379
7.4.3. Relacje wirus – organizm gospodarza 383
7.4.4. Zakażenia latentne 385
7.5. Odporność gospodarza na zakażenia wirusowe 386
7.5.1. Mechanizmy immunologiczne w zakażeniach wirusowych 386
7.5.2. Czynniki warunkujące odporność gospodarza na zakażenia wirusowe 390
7.5.3. Rola układu odpornościowego w patogenezie zakażeń wirusowych 391
7.5.4. Mechanizmy unikania przez wirusy odpowiedzi immunologicznej gospodarza 392
7.6. Wirusy a onkogeneza 394
7.6.1. Patogeneza nowotworów o etiologii wirusowej 395
7.6.2. Onkogenne wirusy RNA 396
7.6.3. Onkogenne wirusy DNA 397
7.7. Epidemiologia zakażeń wirusowych 397
7.7.1. Definicje i wskaźniki epidemiologiczne 398
7.7.2. Czynniki wpływające na epidemiologię chorób wirusowych 400
7.7.3. Drogi szerzenia się zakażeń wirusowych 401
7.7.4. Zakażenia wirusowe u podróżnych 402
7.7.5. Nowe i nawracające zakażenia wirusowe 403
7.8. Zapobieganie zakażeniom wirusowym 404
7.8.1. Zasady kontroli zakażeń wirusowych 404
7.8.2. Szczepionki 404
7.8.3. Surowice odpornościowe 406
7.9. Zastosowanie wirusów w terapii genowej chorób niezakaźnych 407
8. Wirusologia szczegółowa 409
8.1. Herpeswirusy – Magdalena KOSZ-VNENCHAK, Sława SZOSTEK 409
8.1.1. Wirusy opryszczki zwykłej 410
8.1.2. Wirus ospy wietrznej i półpaśca 415
8.1.3. Wirus cytomegalii 418
8.1.4. Wirus Epsteina-Barr 422
8.1.5. Ludzkie herpeswirusy 6A i 6B 425
8.1.6. Ludzki herpeswirus 7 427
8.1.7. Ludzki herpeswirus 8 428
8.2. Adenowirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 429
8.3. Pokswirusy – Maciej PRZYBYLSKI 436
8.3.1. Budowa i właściwości 436
8.3.2. Rodzaj Orthopoxvirus 438
8.3.3. Wirus mięczaka zakaźnego 444
8.4. Parwowirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 445
8.4.1. Inne parwowirusy zakażające ludzi 451
8.5. Poliomawirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 452
8.6. Papilomawirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 457
8.7. Ortomyksowirusy – Maciej PRZYBYLSKI 463
8.8. Pikornawirusy – Maciej PRZYBYLSKI 473
8.8.1. Rodzaj Enterovirus 475
8.8.2. Poliowirusy 479
8.8.3. Enterowirusy niepoliomielityczne 479
8.8.4. Rinowirusy 484
8.8.5. Parechowirusy 486
8.8.6. Rodzaj Hepatovirus 488
8.8.7. Inne pikornawirusy 488
8.9. Paramyksowirusy – Maciej PRZYBYLSKI 489
8.9.1. Wirus odry 492
8.9.2. Wirus świnki (wirus nagminnego zapalenia przyusznic) 497
8.9.3. Wirusy parainfluenzy 502
8.10. Pneumowirusy – Maciej PRZYBYLSKI 505
8.10.1. Syncytialny wirus oddechowy 505
8.10.2. Ludzki metapneumowirus 509
8.11. Koronawirusy – Marta WRÓBLEWSKA 510
8.11.1. Ludzkie koronawirusy 511
8.11.2. Koronawirus ciężkiego ostrego zespołu oddechowego (SARS-CoV, SARS-CoV-1) 514
8.11.3. Koronawirus bliskowschodniego zespołu niewydolności oddechowej 516
8.11.4. Koronawirus wywołujący COVID-19 (SARS-CoV-2) 519
8.11.5. Ludzkie torowirusy (HToV) 524
8.12. Astrowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 524
8.13. Kaliciwirusy – Marta WRÓBLEWSKA 528
8.13.1. Norowirusy 529
8.13.2. Sapowirusy 532
8.13.3. Inne kaliciwirusy 532
8.14. Reowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 534
8.14.1. Rodzaj Rotavirus 535
8.14.2. Rodzaj Coltivirus 539
8.14.3. Rodzaje Orbivirus, Seadornavirus i Orthoreovirus 540
8.15. Togawirusy – Marta WRÓBLEWSKA 541
8.15.1. Wirusy końskiego zapalenia mózgu 542
8.15.2. Kompleks serologiczny wirusa gorączki lasu Semliki 543
8.15.3. Wirus Sindbis 548
8.16. Wirus różyczki – Marta WRÓBLEWSKA 549
8.17. Flawiwirusy – Marta WRÓBLEWSKA 555
8.17.1. Wirus żółtej gorączki 555
8.17.2. Wirus dengi 557
8.17.3. Kompleks serologiczny wirusa japońskiego zapalenia mózgu 559
8.17.4. Kompleks serologiczny wirusa kleszczowego zapalenia mózgu 561
8.17.5. Wirus Zika 563
8.17.6. Inne flawiwirusy 564
8.18. Filowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 565
8.18.1. Rodzaje Ebolavirus i Marburgvirus 567
8.18.2. Rodzaj Cuevavirus 572
8.19. Rabdowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 572
8.19.1. Wirus wścieklizny 573
8.19.2. Wirus pęcherzykowego zapalenia jamy ustnej 577
8.20. Rząd Bunyavirales – Marta WRÓBLEWSKA 578
8.20.1. Rodzina Nairoviridae 580
8.20.2. Rodzina Phenuiviridae 583
8.20.3. Rodzin Hantaviridae 586
8.20.4. Rodzina Peribunyaviridae 587
8.21. Arenawirusy – Marta WRÓBLEWSKA 588
8.21.1. Wirus Lassa 591
8.21.2. Wirus limfocytarnego zapalenia splotu naczyniówkowego i opon mózgowo-rdzeniowych 594
8.21.3. Wirusy południowoamerykańskich gorączek krwotocznych 596
8.21.4. Inne arenawirusy patogenne dla ludzi 598
8.22. Retrowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 599
8.22.1. Rodzaj Deltaretrovirus 600
8.22.2. Rodzaj Lentivirus 602
8.22.3. Inne retrowirusy 614
8.23. Wirusy zapalenia wątroby – Marta WRÓBLEWSKA 615
8.23.1. Wirus zapalenia wątroby typu A 616
8.23.2. Wirus zapalenia wątroby typu B 620
8.23.3. Wirus zapalenia wątroby typu C 629
8.23.4. Wirus zapalenia wątroby typu D 636
8.23.5. Wirus zapalenia wątroby typu E 640
8.23.6. Inne wirusy zapalenia wątroby 643
8.24. Priony – Marta WRÓBLEWSKA 647
8.24.1. Replikacja prionów, patogeneza zakażeń i postacie kliniczne chorób prionowych 649
Piśmiennictwo 657
Skorowidz – tom 1 663
